Ústavní soud nálezem sp. zn. I. ÚS 3244/09 zvrátil dosavadní názor Nejvyššího správního soudu o tom, že zahájení vytýkacího řízení představuje absolutní překážku pro možnost aplikace § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků za situace, kdy vytýkací řízení neskončilo zákonem předpokládaným způsobem, tedy vyměřením daně. Ústavní soud měl naopak za to, že v případě, kdy nedošlo z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty pro vyměření daně k uzavření vytýkacího řízení, tedy nedošlo k pravomocnému vyměření daně, nemůže jít tato skutečnost k tíži daňovému subjektu. Dále Ústavní soud uvedl, že z textu ustanovení § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků není „pojmově vyloučeno aplikovat je také na situaci, kdy ve věci bylo zahájeno vytýkací řízení, ve kterém však z důvodu uplynutí prekluzivní lhůty k vyměření daně daň nebyla pravomocně vyměřena. V takovém případě totiž také není dána existence daně vyměřené odchylně od daně uvedené v daňovém přiznání. Jinými slovy, pokud vytýkací řízení neskončilo zákonem předpokládaným a žádoucím způsobem, tedy stanovením daňové povinnosti, a to z toho důvodu, že uplynula prekluzivní lhůta k vyměření daně, pak je nastolena situace, jako by toto vytýkací řízení vůbec neproběhlo, neboť nemá žádné zákonné účinky na daňovou povinnost daňového subjektu. Nic tak nebrání tomu, použít za dané procesní situace ustanovení § 46 odst. 5 zákona č. 337/1992 Sb., ostatně jiný způsob vyměření daňové povinnosti zákon v takovém případě ani neumožňuje.“

Odvolací soud proto pochybil, jestliže nereflektoval naznačený judikatorní vývoj a nevzal v úvahu, že pokud vytýkací řízení neskončilo vydáním platebního výměru, v důsledku čehož nebyla vyměřena daň odchylná od daně uvedené v daňovém přiznání, je třeba postupovat podle § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků a vyměřit daň v té výši, ve které byla tvrzena v daňovém přiznání.

podle rozsudku Nejvyššího soudu ČR sp. zn. 30 Cdo 2405/2015, ze dne 25. / číst více /